### R code from vignette source 'countgmifs.rnw'

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### code chunk number 1: countgmifs.rnw:67-68
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options(width = 70)


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### code chunk number 2: countgmifs.rnw:70-71
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set.seed(26)


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### code chunk number 3: countgmifs.rnw:74-79
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n <- 50 
p <- 500 
intercept<- .5
beta<- c(log(1.5), log(1.5), -log(1.5), -log(1.5), -log(1.5), rep(0,495)) 
alpha<- 0.5 


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### code chunk number 4: countgmifs.rnw:82-87
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x<- matrix(rnorm(n*p,0,1), nrow=n, ncol=p, byrow=TRUE) 
colnames(x)<- paste("Var",1:p, sep="")  
mu<- exp(intercept + crossprod(t(x),beta))
y<- rnbinom(n=n, size=1/alpha ,mu=mu) # Discrete response
data<- data.frame(y,x)


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### code chunk number 5: countgmifs.rnw:91-94
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library("countgmifs")
nb<-countgmifs(y ~ 1 , data=data, offset=NULL, x=x, epsilon=0.01, tol=0.001, 
       scale=TRUE, verbose=FALSE)


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### code chunk number 6: countgmifs.rnw:99-100
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print(nb)


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### code chunk number 7: countgmifs.rnw:103-104
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summary(nb)


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### code chunk number 8: countgmifs.rnw:112-113
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plot(nb)


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### code chunk number 9: countgmifs.rnw:120-122
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coef.BIC<-coef(nb)
coef.BIC[coef.BIC!=0]


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### code chunk number 10: countgmifs.rnw:126-128
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coef.AIC<-coef(nb, model.select="AIC")
coef.AIC[coef.AIC!=0]


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### code chunk number 11: countgmifs.rnw:133-134
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yhat <- predict(nb, model.select="AIC")


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### code chunk number 12: countgmifs.rnw:138-139
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plot(yhat, y)


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### code chunk number 13: countgmifs.rnw:146-150
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nb.2<-countgmifs(y ~ Var1 , data=data, offset=NULL, 
      x=c("Var2", "Var3", "Var4", "Var5", "Var6", "Var7", "Var8", "Var9", "Var10"), 
      epsilon=0.01, tol=0.001, scale=TRUE, verbose=FALSE)
summary(nb.2)