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Package 1128/1472 | Hostname | OS / Arch | INSTALL | BUILD | CHECK | BUILD BIN | ||||||
Rbowtie2 1.0.2 Zheng Wei
| malbec1 | Linux (Ubuntu 16.04.1 LTS) / x86_64 | [ OK ] | OK | OK | ![]() | ||||||
tokay1 | Windows Server 2012 R2 Standard / x64 | OK | OK | OK | OK | ![]() | ||||||
veracruz1 | OS X 10.11.6 El Capitan / x86_64 | OK | OK | OK | OK | ![]() |
Package: Rbowtie2 |
Version: 1.0.2 |
Command: /home/biocbuild/bbs-3.6-bioc/R/bin/R CMD INSTALL Rbowtie2 |
StartedAt: 2018-04-11 17:56:27 -0400 (Wed, 11 Apr 2018) |
EndedAt: 2018-04-11 17:58:36 -0400 (Wed, 11 Apr 2018) |
EllapsedTime: 129.1 seconds |
RetCode: 0 |
Status: OK |
############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /home/biocbuild/bbs-3.6-bioc/R/bin/R CMD INSTALL Rbowtie2 ### ############################################################################## ############################################################################## * installing to library ‘/home/biocbuild/bbs-3.6-bioc/R/library’ * installing *source* package ‘Rbowtie2’ ... ** libs ** arch - mkdir -p ../inst (cd adapterremoval && (make CXX="g++ -std=gnu++11" -f Makefile)) make[1]: Entering directory '/home/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/Rbowtie2/src/adapterremoval' g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c adapterset.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c alignment.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c argparse.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c debug.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c demultiplex.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c fastq.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c fastq_enc.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c fastq_io.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c linereader.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c linereader_joined.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c main_adapter_id.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c main_adapter_rm.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c main_demultiplex.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c scheduler.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c strutils.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c threads.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c timer.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c trimmed_reads.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c userconfig.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c main.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -o AdapterRemoval adapterset.o alignment.o argparse.o debug.o demultiplex.o fastq.o fastq_enc.o fastq_io.o linereader.o linereader_joined.o main_adapter_id.o main_adapter_rm.o main_demultiplex.o scheduler.o strutils.o threads.o timer.o trimmed_reads.o userconfig.o main.o cp AdapterRemoval ../../inst/ make[1]: Leaving directory '/home/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/Rbowtie2/src/adapterremoval' (cd bowtie2 && (make CXX="g++" -f Makefile)) make[1]: Entering directory '/home/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/Rbowtie2/src/bowtie2' g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY -fno-strict-aliasing -DBOWTIE2_VERSION="\"2.3.2\"" -DBUILD_HOST="\"Rbowtie2\"" -DBUILD_TIME="\"2017\"" -DCOMPILER_VERSION="\"C++11\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE -DBOWTIE_MM -DBOWTIE2 -DNDEBUG -I third_party -pthread -c -o bt2_build.o bt2_build.cpp g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY -fno-strict-aliasing -DBOWTIE2_VERSION="\"2.3.2\"" -DBUILD_HOST="\"Rbowtie2\"" -DBUILD_TIME="\"2017\"" -DCOMPILER_VERSION="\"C++11\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE -DBOWTIE_MM -DBOWTIE2 -DNDEBUG -I third_party -pthread -c -o ccnt_lut.o ccnt_lut.cpp g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY -fno-strict-aliasing -DBOWTIE2_VERSION="\"2.3.2\"" -DBUILD_HOST="\"Rbowtie2\"" -DBUILD_TIME="\"2017\"" -DCOMPILER_VERSION="\"C++11\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE -DBOWTIE_MM -DBOWTIE2 -DNDEBUG -I third_party -pthread -c -o ref_read.o ref_read.cpp g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY -fno-strict-aliasing -DBOWTIE2_VERSION="\"2.3.2\"" -DBUILD_HOST="\"Rbowtie2\"" -DBUILD_TIME="\"2017\"" -DCOMPILER_VERSION="\"C++11\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE -DBOWTIE_MM -DBOWTIE2 -DNDEBUG -I third_party -pthread -c -o alphabet.o alphabet.cpp g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY -fno-strict-aliasing -DBOWTIE2_VERSION="\"2.3.2\"" -DBUILD_HOST="\"Rbowtie2\"" -DBUILD_TIME="\"2017\"" -DCOMPILER_VERSION="\"C++11\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE -DBOWTIE_MM -DBOWTIE2 -DNDEBUG -I third_party -pthread -c -o shmem.o shmem.cpp g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY -fno-strict-aliasing -DBOWTIE2_VERSION="\"2.3.2\"" -DBUILD_HOST="\"Rbowtie2\"" -DBUILD_TIME="\"2017\"" -DCOMPILER_VERSION="\"C++11\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE -DBOWTIE_MM -DBOWTIE2 -DNDEBUG -I third_party -pthread -c -o edit.o edit.cpp g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY -fno-strict-aliasing -DBOWTIE2_VERSION="\"2.3.2\"" -DBUILD_HOST="\"Rbowtie2\"" -DBUILD_TIME="\"2017\"" -DCOMPILER_VERSION="\"C++11\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE -DBOWTIE_MM -DBOWTIE2 -DNDEBUG -I third_party -pthread -c -o bt2_idx.o bt2_idx.cpp g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY -fno-strict-aliasing -DBOWTIE2_VERSION="\"2.3.2\"" -DBUILD_HOST="\"Rbowtie2\"" -DBUILD_TIME="\"2017\"" -DCOMPILER_VERSION="\"C++11\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE -DBOWTIE_MM -DBOWTIE2 -DNDEBUG -I third_party -pthread -c -o bt2_io.o bt2_io.cpp g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY -fno-strict-aliasing -DBOWTIE2_VERSION="\"2.3.2\"" -DBUILD_HOST="\"Rbowtie2\"" -DBUILD_TIME="\"2017\"" -DCOMPILER_VERSION="\"C++11\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE -DBOWTIE_MM -DBOWTIE2 -DNDEBUG -I third_party -pthread -c -o bt2_util.o bt2_util.cpp g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY -fno-strict-aliasing -DBOWTIE2_VERSION="\"2.3.2\"" -DBUILD_HOST="\"Rbowtie2\"" -DBUILD_TIME="\"2017\"" -DCOMPILER_VERSION="\"C++11\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE -DBOWTIE_MM -DBOWTIE2 -DNDEBUG -I third_party -pthread -c -o reference.o reference.cpp g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY -fno-strict-aliasing -DBOWTIE2_VERSION="\"2.3.2\"" -DBUILD_HOST="\"Rbowtie2\"" -DBUILD_TIME="\"2017\"" -DCOMPILER_VERSION="\"C++11\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE -DBOWTIE_MM -DBOWTIE2 -DNDEBUG -I third_party -pthread -c -o ds.o ds.cpp g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY -fno-strict-aliasing -DBOWTIE2_VERSION="\"2.3.2\"" -DBUILD_HOST="\"Rbowtie2\"" -DBUILD_TIME="\"2017\"" -DCOMPILER_VERSION="\"C++11\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE -DBOWTIE_MM -DBOWTIE2 -DNDEBUG -I third_party -pthread -c -o multikey_qsort.o multikey_qsort.cpp g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY -fno-strict-aliasing -DBOWTIE2_VERSION="\"2.3.2\"" -DBUILD_HOST="\"Rbowtie2\"" -DBUILD_TIME="\"2017\"" -DCOMPILER_VERSION="\"C++11\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE -DBOWTIE_MM -DBOWTIE2 -DNDEBUG -I third_party -pthread -c -o limit.o limit.cpp g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 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-DNDEBUG -I third_party -pthread -o bowtie2-build-s bt2_build.o ccnt_lut.o ref_read.o alphabet.o shmem.o edit.o bt2_idx.o bt2_io.o bt2_util.o reference.o ds.o multikey_qsort.o limit.o random_source.o tinythread.o bowtie_build_main.o diff_sample.o g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY -fno-strict-aliasing -DBOWTIE2_VERSION="\"2.3.2\"" -DBUILD_HOST="\"Rbowtie2\"" -DBUILD_TIME="\"2017\"" -DCOMPILER_VERSION="\"C++11\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE -DBOWTIE_MM -DBOWTIE2 -DNDEBUG -I third_party -pthread -c -o bt2_search.o bt2_search.cpp g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY -fno-strict-aliasing -DBOWTIE2_VERSION="\"2.3.2\"" -DBUILD_HOST="\"Rbowtie2\"" -DBUILD_TIME="\"2017\"" -DCOMPILER_VERSION="\"C++11\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 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../../inst cp bowtie2-build-s ../../inst make[1]: Leaving directory '/home/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/Rbowtie2/src/bowtie2' g++ -shared -fPIC -o Rbowtie2.so version_info.cpp installing to /home/biocbuild/bbs-3.6-bioc/R/library/Rbowtie2/libs ** R ** inst ** preparing package for lazy loading ** help *** installing help indices ** building package indices ** installing vignettes ** testing if installed package can be loaded * DONE (Rbowtie2)